一个细胞中有30亿个核苷酸符号
约翰·卡普顿(John Carpten)是TGen研究院的肿瘤学家，他和大卫·克雷格(David Craig)都是基因序列数据分析的熟手，但即使他们也很难适应这个项目的庞大数据量。
麦克丹尼尔女士的基因数据是存储在硬盘驱动器，通过邮寄递送的（因为数据量太大，所以无法通过互联网传送）。光是从硬盘驱动器把这万亿字节的数据信息读取出来就花了一整天的时间。卡普顿解释说，仅仅一个细胞中的DNA就有30亿个核苷酸符号，代码是A、T、G和C四个字母。如果把这些字母打印到纸上，那么一个细胞中的DNA数据量就能填满一个中等规模小学的图书馆。
测序时不可避免会发生差错，为了确保数据准确无误，研究人员对每个样本都要做30次的重复测序，也就是30个图书馆的数据量。做比较的正常细胞也这么测序——又多了30个图书馆的数据量。非但如此，这种数据并不是整齐的基因词组和句子的形式。恰恰相反，克雷格博士说，“测序数据是碎片段，看起来像是被碎纸机裁切过一遍似的。”
“这就像是拼接有10亿片碎片的拼图，”卡普顿博士说。
最后，他们把正常细胞和癌细胞的基因序列进行比较，结果发现了约1.8万个差异位点，但其中大多数都没有已知的致病意义。
终于，序列分析工作完成了，在5月18日，麦克丹尼尔博士飞赴TGen研究院。 研究人员们在麦克丹尼尔女士的癌症基因中发现了一个可疑的基因变异，但是他们不能确定这个变异意味着什么。
看起来麦克丹尼尔女士的癌细胞中，两个基因似乎相互融合，其结果是使得癌细胞中细胞生长的信号传导通路就像接反了的交叉线。研究小组推测，她免疫系统的T细胞癌每次得到了抑制增长的信号，这些癌细胞的反应却是如同得到了刺激增长的信号，结果会继续增长。而每次得到了刺激增长的信号，这些癌细胞的反应就是停止增长。
如果他们的推测是正确的，那么就应该施加刺激T细胞增长的信号，以抑制她癌症的增长。有一种新药刚好可以用来治疗刺激正常T细胞增长，这种药通用名为易普利姆玛(ipilimumab)，商品名是伊匹单抗(Yervoy)，是一种治疗黑色素瘤的新药。
但是如果研究人员的推测是错误的，那么这种药很可以会断送她的性命。
在5月18日，星期三，他们站在白板前讨论了两个小时，试图弄清这个基因融合的确切含义。随后，麦克丹尼尔博士带着测序分析的数据赶回家，请Illumina公司的同事从含有5000万个基因序列的数据库中，帮他再找出几个关键的基因序列。 5月22日（星期日）晚上，他得到了这几个基因序列，马上开始破译分析。到了晚上10点，他弄明白了：TGen研究院的科学家们发现的基因融合是确切的。
“刹车踏板被连到油门上，”麦克丹尼尔博士这样形容这种基因融合。
他工作了一整夜，查阅到了一篇科研论文，发现科学家曾有意融合了这两个特异的基因，结果发现在基因融合后，确实发生了T细胞增长信号的逆转。
在早晨5点45分，麦克丹尼尔博士给合作者们发了一封电子邮件。
“我当时实在太疲惫了，不管你信不信，我竟然忘记在邮件中提到这个治疗药物，”他说。
他睡着了，一觉醒来已经是上午11点钟，他立马赶到电脑前工作。他在疲惫中忘记提到的治疗黑色素瘤的药物，应该能够一举击中这个基因变异位点，由此他母亲的病情发展就能被抑制住。“我当时惊喜得合不拢嘴，”麦克丹尼尔博士说：“这个分析结果的含义是如此激动人心，以至于我都不敢相信。”
病情显著好转
在7月28日，麦克丹尼尔女士打了点滴，第一次用上了这种药，效果似乎很显著。她的肿瘤医生戈曼博士惊叹不已。她的儿子一直担心他和医生们可能会犯严重的错误，此时他们都欣喜若狂。
麦克丹尼尔女士除了去医院就诊之外，已经几个月没有出过家门了，自从用了这种药，她可以每天出门，去电影院看电影，去餐馆就餐。
9月2日，她和丈夫一起去了市中心的Heirloom餐厅，庆祝他们50周年结婚纪念日。
她以为自己快不行了，所以许多衣服都已经送人，结果到了结婚纪念日这天她都不知道应该穿什么。她有件很喜欢的外套，穿起来宽松又舒适，但丈夫记起来，“那件衣服早就送人了。”因为服用药物期间不能喝酒，于是她和丈夫在安静的餐厅喝着冰茶。
“我们回忆往昔，但也在畅想我们共同希望的未来，”麦克丹尼尔先生说。
但是病情的缓解只持续了几个星期。到了九月底，癌症又一次复。
麦克丹尼尔博士不想放弃。他安排给母亲的肿瘤再次测序，以便寻找新的基因突变，但却没有发现显著的线索。他每天拼命筛选分析数据，同时打电话给他的父母。他们称他为州长，希望他会给母亲带来另一次死缓通知。
几位研究者在测序数据中找到了一个不太重要的基因靶点，这是一个抑癌基因（抑制T细胞增长的基因）的突变。有几宗未发表的研究报告表明，在实验小鼠体内，带有这个基因突变的T细胞，在一种治疗肾癌的药物作用下能够停止增长。
此时，麦克丹尼尔女士的身体在癌症和各种药物的猛攻下已经彻底垮掉了。她家里安置了医院的特护病床，在一名护士和一名助手的帮助下，她进入了临终关怀期。
“根据基因组测序的数据和未发表的研究论文，我们找到了不太可靠的证据，”麦克丹尼尔博士说。
新药的副作用不大，家人和医生决定给她试用这个药。
“就算我们什么都不做，她也只能再活一到六个星期了，”麦克丹尼尔博士解释说。
麦克丹尼尔女士在11月26日拿到了药。但是她已经病得下不了床，连用吸管喝水都喝不进去了。儿子蒂默西把三个孩子逐个领进她的卧室，和她道别。
“她说不了话了，但眼睛睁着，看到每个孩子时会轻轻笑一声，表示认得出他们，”麦克丹尼尔博士说。
三天后，她短暂地回光返照。丈夫一直握着她的手。
“她说了声，‘我爱你’，”麦克丹尼尔先生说。“然后又重复了两遍。我亲吻她的额头，告诉她我爱她。这就是我们彼此说的最后一句话。”
第二天早晨，11月30日，麦克丹尼尔先生很早就醒了，他走进妻子的房间，发现她的呼吸变得不规律。他忧心忡忡地走出房间，让临终关怀的护士打电话给医生。“在我走出房间的那几秒钟里，她走了，”麦克丹尼尔先生说。
试图救治她的研究人员们也心碎不已，留给他们的是一长串的假设。“好好回想一下，我们究竟为她争取到了什么？”德卡斯特罗博士问。在去年一月，麦克丹尼尔女士一度生命垂危。如果没有基因测序或这些新药治疗，那么她的生命能延长到11月吗？ 研究人员的这种新治疗方法对她有实际意义吗？
“我希望我们真的帮到她了，”德卡斯特罗博士：“但我真的很不确定。”（来源：《纽约时报》中文版）
本文来源：网易探索
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